Geboren wurde Kubelka 1934 in Wien, wuchs aber im oberösterreichischen Taufkirchen an der Pram auf. Nach einigen Jahren bei den Wiener Sängerknaben folgte eine Juniorenkarriere als Diskuswerfer und Judoka. Später studierte Kubelka Film an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Wien und am Centro Sperimentale di Cinematografia in Rom.
Dem Film wandte er sich in den 1950ern zu, sein erstes Werk „Mosaik im Vertrauen“ entstand 1955. Diesem sollten bis zum heutigen Tag sieben weitere folgen: „Adebar“ (1957), „Schwechater“ (1958), „Arnulf Rainer“ (1960), „Unsere Afrikareise“ (1966), „Pause“ (1977) und „Dichtung und Wahrheit“ (1996/2003) sowie als bisher letztes filmisches Werk 2012 „Antiphon“ als „Antwort“ auf „Arnulf Rainer“.
Schaffen in Wien und New York
Der Weg des reinen Filmemachers war Kubelka immer zu schmal, und so gründete er 1964 mit dem 2016 verstorbenen Peter Konlechner das Österreichische Filmmuseum, das sie bis 2001 leiteten. Dort war Kubelka für das „Zyklische Programm“, eine exemplarische Filmgeschichte, verantwortlich. Auch der Einbau des „unsichtbaren Kinos“, eines gänzlich schwarzen und daher kaum wahrnehmbaren Kinoraums im Filmmuseum, geht 1989 auf sein Betreiben zurück.
Die Wiener Institution blieb allerdings nicht die einzige zentrale Gründung, an der Kubelka beteiligt war, entstand doch 1970 in New York das Anthology Film Archives unter seiner Beteiligung, wofür der Österreicher unter anderen mit Filmlegende Jonas Mekas zusammenarbeitete.
Nach den schwierigen Anfangsjahren blieb Kubelkas Lebensleistung letztlich auch in Österreich nicht unbeachtet. So erhielt der Filmemacher 1980 den Großen Österreichischen Staatspreis und 2005 das Österreichische Ehrenzeichen für Wissenschaft und Kunst. 2015 schloss sich dem Reigen das Goldene Ehrenzeichen für Verdienste um das Land Wien an.